Kandang kembali online

By admin | Published: March 4, 2010

Setelah sempat down beberapa saat kemaren, kandang kebanggaan kita bersama ini kembali onlen. Dan kabar gembiranya, account ftp nya uda bisa dipake. Hehehe

Sekian deh post kali ini. :)

Posted in Uncategorized | 1 Comment

Lama Tak Jumpa

By admin | Published: February 11, 2010

Lama tak jumpa, akhirnya ada waktu  (waktunya ada sih, cm males aja,hahaha) juga buat nulis di kandang kebanggaan kita bersama ini. Sekarang sudah menginjak Februari 2010. Semester 3 kemaren berakhir dengan cukup tragis, yang bikin saya hanya bisa ambil 22 sks untuk semester 4 ini.

Saat ini adalah tahun kedua saya di Program Studi Elektronika dan Instrumentasi (Elins) Universitas Gadjah Mada. Walaupun tidak semua berjalan sesuai yang saya inginkan, banyak hal yang ternyata mengecewakan, banyak kejadian yang tidak diinginkan, namun sampai saat ini saya sama sekali tidak menyesal telah masuk di Elins.

Selama tahun 2009 kemaren, dibalik kehancuran kondisi akademik, banyak sekali hal2 yang saya peroleh baik di Elins sendiri maupun di UGM secara keseluruhan. Diawali dengan menjadi FOB ANYE 2009, saya memulai petualangan kepanitiaan saya. Diksar 86, 3 kali CDT-SW, MUUI, KRCI 2009, Ospek PASCAL, ElinsPlanet, ElinsPhoria, dan terakhir Desember kemaren Baksos ElinsCare. Sempat juga menjadi partimer di Swalayan Kopma selama 3 bulan. Saya juga diberi kesempatan ikut bergabung menjadi pengurus di HMEI, KMF, dan BEM KM MIPA.

Tahun 2009 memang tahun yang sangat melelahkan. Namun saya yakin, tahun 2009 membuat seorang Taufiq Sunar menjadi seorang yang lebih baik dari tahun2 sebelumnya.

Saya merasa sangat beruntung ada di Elins, saya jadi kenal yang namanya Linux, programming, web, dan hal2 berbau geek lain. Disini banyak master yang dengan senang hati mau membantu kita untuk belajar. Dan tampaknya hal2 itulah yang akan saya dalami selama sisa perjalanan saya di Elins.

Namun saya juga masih memendam keinginan lama saya, yaitu bikin robot. Saya juga sangat penasaran dengan hardware2 instrumentasi. Untuk yang instrumentasi dengan hitung2an sendiri, kayaknya masih terlalu rumit untuk saya bayangkan. Dan kalo digabung, kayaknya Pemrogaman Instrumen cukup menarik. Tapi apakah bidang tersebut ada? Ya kalo gak ada, minimal Pemrograman Hardware deh, masak software terus.
Ya tampaknya, saya harus belajar lebih banyak dan tekun, dan mengurangi hal2 yang tidak mendukung perjuangan menuju cita2 saya. Saya yakin saya harus bisa. Apalagi dengan ditemeni si BullHasanah. Hehehe.

Posted in Uncategorized | 1 Comment

Target 2010

By admin | Published: February 11, 2010

  1. Ngangkat IPK, minimal jadi 3 koma lah..
  2. Mendalami bahasa PHP, C, dan python.
  3. Backpaking ke Bandung po Bali
  4. LF jadi
  5. Menaikkan berat badan jadi 60kg
  6. Mendalami Linux lebih jauh
  7. Kandangbuaya ku laris
  8. Bikin kamera lubang jarum
  9. Bikin aplikasi web dari CodeIgniter
  10. Kalo bisa, njajal PKM lagi

Bismillahirohmanirohim

Posted in Uncategorized | Leave a comment

Kandangnya Jadi Juga

By admin | Published: January 18, 2010

Akhirnya setelah menunggu sekian lama, kandang ini jadi juga. hehehe.. Artikel-artikelnya yang dari blog2 lama saya masih ada lho.

Posted in Uncategorized | 3 Comments

Review Canon EOS 500D

By admin | Published: November 6, 2009

canon-eos-500d-top

Akhir-akhir ini di antara anak-anak Elins ada tren hobi baru yaitu demam kamera DSLR atau digital single-lens reflex camera. Harga kamera DSLR yang lumayan mahal rupanya tidak menghalangi teman-teman kita tersebut untuk bergaya layaknya fotografer profesional. Sebenarnya saya juga ingin ikut berkecimpung dalam dunia fotografi dengan kamera DSLR seperti teman-teman saya tersebut, namun karena saya gak punya duit, yaudah saya bikin review kamera-nya saja. Hehe.

Sebelumnya kita ulik dulu, sebenarnya kamera DSLR itu panganan opo to? Hehe..

Menurut mbah Wikipedia (saingannya mbah Google nih..hehe), DSLR adalah kamera digital yang menggunakan mechanical mirror system atau sistem pemantulan mekanik dan pentaprism atau prisma segi lima untuk meneruskan cahaya dari lensa ke viewfinder optikal di bagian belakang kamera.

Kamera DSLR lebih dipilih oleh para fotografer profesional karena kamera ini dapat menampilkan preview framing sangat dekat dengan momen pencahayaan nya secara akurat, gampangnya, gambar yang diambil dengan kamera DSLR bisa sangat mirip sekali dengan pemandangan aslinya. Selain itu DSLR juga memungkinkan penggunanya untuk memilih bermacam-macam jenis lensa yang dapat dibongkar pasang.Kelebihannya yang lain, sensor  DSLR lebih besar daripada kamera poket biasa. DSLR mempunyai sensor yang secara umum mendekati ukuran negative film biasa yang mulai ditinggalkan oleh para fotografer profesional.

eos500d

Sebagian besar teman-teman saya di Elins menggunakan Canon EOS DSLR sebagai senjata andalannya untuk jepret-jepret. Nah, pada kesempatan ini DSLR yang beruntung karena berkesempatan untuk di-review oleh saya adalah Canon EOS 500D. Hahaha.

Di tahun 2009 ini, EOS 500D adalah varian terbaru yang dikeluarkan oleh Canon di kelas entry-level DSLR. Oleh Canon sendiri, EOS 500D ini diposisikan sebagai penerus dan pengganti EOS 450D yang telah berumur sekitar satu tahun. Banyak fitur baru yang ditawarkan EOS 500D, antara lain fitur live-view yang belum ada di EOS generasi sebelumnya. Selain itu juga ada fitur video recording yang juga relatif baru di dunia per-DSLR-an.

Secara fisik, bentuk EOS 500D masih mirip dengan seri-seri sebelumnya seperti  1000D dan 450D. Seluruh bagian body-nya menggunakan bahan plastik. Grip kamera ini juga cukup nyaman digenggam. Untuk memantapkan pegangan pada grip, kamera ini memiliki lapisan karet yang dipasangkan pada bagian depan grip dan di bagian belakang temapat meletakkan jempol.

Bobotnya yang sekitar 480 gram tanpa lensa terbilang ringan dan tidak melelahkan saat digunakan dalam waktu yang lama. Untuk pengaturan, EOS 500D memiliki tombol empat arah dan tombol-tombol lainnya. Tombol empat arah tersebut berfungsi sebagai navigasi di dalam menu utama sekaligus menjadi tombol untuk mengatur white balance, shot mode, auto fokus, dan picture style.

Seperti kamera DSLR Canon yang lain, EOS 500D ini juga dibekali dengan sensor CMOS berformat APS-C. Namun Canon juga menanamkan teknologi baru serta sedikit refresh pada sensor EOS 500D ini. Resolusi kamera ini ditingkatkan menjadi 15 megapixel (EOS 450D : 12 Mp). Resolusi sebesar ini sama dengan resolusi pada EOS 50D di DSLR kelas menengah. Selain itu EOS 500D juga menggunakan teknologi pemroses gambar terbaru milik Canon yaitu DIGIC 4.

EOS 500D mempunyai pilihan sensivitas cahaya yang lebih luas dibandingkan seri sebelumnya. Di EOS 500D kini terdapat pilihan ISO 3200. Sensivitas tersebut masih dapat dinaikkan lagi menjadi ISO 6400 dan ISO 12800.

Kamera yang menggunakan SD atau SDHC sebagai memori eksternalnya ini dapat mengambil gambar dalam format JPEG, RAW, atau keduanya sekaligus. Untuk memperbaiki dynamic range alias jarak yang berubah-ubah pada gambar, terdapat fitur Auto Lighting Optimizer yang memiliki beberapa plihan setting.

Posted in Uncategorized | Tagged , , , , | 1 Comment

Tragedi Puting Beliung November 2008

By admin | Published: November 6, 2009

Setahun lalu, saya lupa tanggalnya, saya mengalami bencana alam terbesar kedua di Jogja setelah gempa 2006, yaitu puting beliung UGM 2008. Disini, saya mencoba untuk menggali ingatan saya tersebut untuk kembali mengenang tragedi yang telah merenggut atap-atap dan genting-genting beberapa gedung di kampus tercinta saya, UGM, dan membuat saya dan motor saya pincang selama hampir seminggu.

Waktu itu, saya baru saja selesai UTS mata kuliah Pengantar Teknologi Informasi yang merupakan UTS terakhir pada semester itu. Karena masih terhitung siang, saya memutuskan untuk mampir ngenet sebentar di SIC. Baru beberapa menit saya ngenet, eh tiba-tiba listriknya mati. Saya pun memutuskan untuk langsung pulang saja.

Begitu keluar dari gedung SIC, sudah terlihat langit yang begitu mendung dan angin yang begitu kencang. Lalu saya segera mengambil motor dan cabut dari Mipa Utara. Namun tiba-tiba saat saya melewati pinggir gedung pusat UGM, hujan tiba-tiba turun disertai angin yang cukup kencang, dan saya pun berhenti untuk memakai mantel. Saat saya sudah siap untuk melanjutkan perjalanan, tiba-tiba dari arah belakang saya merasakan tabrakan yang sangat keras dan saya pun langsung terjatuh bersama motor saya. Saat saya menengok ke belakang, saya melihat ternyata saya ditabrak dua mbak-mbak dan tepat di belakangnya lagi ada dua pohon besar yang tumbang dengan mengerikan.

Wah, pokoknya setelah itu saya harus mengalami dan menjalani hal-hal yang sangat menakjubkan sekaligus bikin capek dan bikin sakit.

Akibat ketabrak mbak-mbak tadi, motor saya rusak di bagian setang, footstep, dan slebornya. Kaki dan tangan saya pun serasa mau patah karena benturan yang sangat keras dengan aspal. Setelah itu saya tuntun motor saya sampai prapatan Purnabudaya. Disana angin terasa makin kencang dan akhirnya, tidak salah lagi puting beliung itu datang.  Langit terlihat begitu mengerikan. Saya dan beberapa pengendara kendaraan bermotor lainnya tidak berani menepi karena takut kejatuhan pohon atau tiang listrik, sehingga kami berdiri berdempetan di tengah-tengah jalan.

Akhirnya setelah agak reda anginnya saya memberanikan diri untuk meneruskan perjalanan dengan menuntun motor. Di perjalanan saya sempat meneduh sebentar di basement parkir KFC untuk sedikit beristirahat dan memeriksa kondisi motor saya. Setelah melanjutkan perjalanan lagi, terlihat pemandangan yang sangat berbeda dari hari-hari biasanya. Pohon-pohon yang bertumbangan, jalanan yang banjir. Dan dagangan para PKL di sekitar UGM yang berantakan, sampai padhu dengan penjual angkringan karena kunci motor saya yang jatuh di jalanan yang banjir, beruntung kuncinya bisa ketemu.

Saya pun dengan tegar melanjutkan perjalanan menuntun motor. Alhamdulilah, sampai di dekat GOR UGM, ada bengkel dan disana footstep saya berhasil diperbaiki sehingga paling tidak saya bisa pulang dengan naek motor.

Sampai di rumah, saya benar-benar lega dan bersyukur karena saya bisa mengalami dan selamat dari bencana puing beliung ini. Dan sampai saat ini pun saya masih menganggap  bencana puting beliung UGM ini adalah bencana yang sangat besar bagi saya setelah bencana gempa 2006.

Posted in Uncategorized | Tagged , , | 1 Comment

Polisi Busuk

By admin | Published: November 2, 2009

Beberapa minggu yang lalu saya dan mustofa pergi ke malioboro dalam rangka survey souvenir buat hut gelanggang dan beli celana. Katanya mustofa sih souvenir ala malioboro bisa dijadiin referensi. Eh, setelah sampe disana dan muter-muter raceto gak ketemu deh model souvenir yang cocok. Yaudah, akhirnya cuma beli celana.

Tapi kemudian mustofa katanya mau beli buku buat adiknya. Dia maunya ke shopping, tapi saya males muter-muter lagi. Saya sarankan ke social agency saja, sekalian yang sejalan ke kampus. Disana ternyata buku yang dikarepke si mustofa juga gak ada. Akhirnya kita pun pulang ke kampus dengan tangan dan dompet hampa (duit habis buat beli celana).

Dalam perjalanan di kampus, di bangjo galeria, saya liat angkanya udah 0 dan warnanya udah ke merah, tapi lampunya masih kuning. Lalu dengan PD-nya saya terus melaju aja. Di bangjo galeria, saya tetep belok kanan. Tiba-tiba di dekat rumah sakit dokter Yap ada sesosok makhluk yang tidak asing lagi memepet motor saya dan berteriak, “Menepi mas!”. Walah, ternyata makhluk itu adalah sosok penegak hukum di negara kita.

Seperti biasa, dia tanya, “Bisa liat surat-suratnya mas?”. Saya pun menyodorkan surat-surat yang ada, termasuk surat cinta saya. Hehehe. “Tau salahnya apa mas?”. “Ehm..lampu kuning pak”, jawabku sekenanya. “Itu kan lampunya. Lha angkanya udah habis kok”. Yoweslah, sak karepmu pak, batin saya. Mustofa pun berkata, dengan gaya khasnya, “Piye ki paklik?”. ”Wis tenang wae mus, aku wis pengalaman. Iki wis ke-10 aku ngeblong bangjo!”. “Wah, parah yo kowe paklik!”, sahut mustofa.

Tapi dalam hati, sebenarnya saya kesel juga. Udah berkali-kali kejadian kayak gini terjadi. Dulu waktu pertama kali kejadian di bangjo gejayan-kolombo. Udah itu di denggung-jalan magelang. Dan dimana lagi saya udah gak inget.

Seperti yang sudah-sudah, saya disuruh pergi ke pos polisi terdekat. Kali ini di deket gramedia. Seperti biasa, sang penegak hukum bilang, “Ini karena pelanggaran ringan lalu lintas, bayarnya 20ribu mas. Bisa titip bayar disini ato langsung ke pengadilan”. “Bisa kurang nggak pak? Saya nggak bawa duit pak”, jawab saya. “Wah, itu udah undang-undang mas”. Karena saya udah kesel banget, “yowes pengadilan aja pak!”. “Yakin mas?”, tanya sang penegak hukum. “Iya pak. Saya pengen tau gimana rasanya diadili!”. Hahaha. Puas sudah tu polisi.

Akhirnya ditetapkan sidangnya tanggal 15 Juli 2009 di pengadilan negeri kota Yogyakarta. Wah, udah gak sabar ni. Ngebayangin suasana pengadilan yang kayak dicritain mas Aan waktu ANYE 2009 dulu, rasanya makin penasaran. Hahaha

(to be continued)

Posted in Uncategorized | Tagged , , , | Leave a comment

Gak Ada Yang Sempurna

By admin | Published: November 2, 2009

LINUX_by_zachk

Akhir-akhir ini saya sering dibingungkan oleh ulah Ubuntu Linux 9.04 di CQ-104AX saya yang sering hang, kalo me-modified file sering eror kalo dibaca di Windows, kalo transfer file dari atau ke flashdisk sering eror juga, kalo memainkan video sering lemot, dan problem-problem teng plekunik lainnya.

Pertama kali menggunakan Ubuntu, saya pikir distro ini sudah merupakan distro yang paling “perfect” dan canggih. Dengan jaringan penggunanya yang sudah jutaan orang dan official and user-contributed membuatnya begitu sangat meyakinkan. Selama ini saya juga nyaman-nyaman saja menggunakan Ubuntu.

Kelebihan Ubuntu yang selama ini saya rasakan juga banyak, antara lain cara menginstallnya yang sangat mudah, cukup dengan membaca keterangan yang ada pada setiap langkahnya, konfigurasi nya juga sebagian besar sudah ter-GUI, program-program yang kompatibel dengan Ubuntu juga sudah sangat banyak, mulai dari aplikasi kantor, aplikasi programming, aplikasi desain grafis, dan lain-lain. Dan terutama, Ubuntu dapat mengirimkan CD-nya  kepada setiap peminat di seluruh penjuru dunia secara gratis.

Tapi setelah mengalami berbagai peristiwa bersama Ubuntu ini membuat saya sadar, Ubuntu ini ternyata buatan manusia juga, sehingga tak bisa luput dari kesalahan. Mungkin ketika proses debugging-nya ada step yang terlewatkan, dimana program debugger-nya juga buatan manusia. Atau mungkin saat pengujian alpha-beta para user yang berkontribusi melewatkan support yang memadai untuk merk laptop saya.

Tidak hanya Ubuntu, saya yakin semua distro Linux pasti juga memiliki kekurangan. Bahkan tidak hanya Linux, semua operating system yang ada di dunia manusia ini seperti Mac OSX-nya Apple yang super mahal, BSD-family yang aman tapi njlimet, Windows semua seri dengan bluescreen-nya, Solaris yang masih belum terkenal, dan yang lainnya, tak ada yang sempurna. Sehingga dapat disimpulkan semua teknologi yang diciptakan manusia dari jaman nabi Adam sampai saat ini tak ada satupun yang luput dari kesalahan.

Yang dapat kita lakukan adalah, memilih distro yang sesuai dengan selera dan kebutuhan kita masing-masing, yang dapat kita gunakan secara enjoy dan nyaman, pokoknya selama itu opensource, ya jalan terus. Hehe. Selanjutnya kita juga dapat ikut berkontribusi dalam pengembangan distro-distro linux yang kita gunakan, baik ikut nyumbang review, nyumbang desain, nyumbang program dan kemampuan coding, nyumbang bikin documentation, nyumbang manas-manasi orang biar ikut pake distro pilihan kita tersebut, dan bahkan nyumbang duit (kalo yang ini kayaknya saya gak ikut deh..hehe).

Akhir kata, selalu gunakan produk software gratis dan terbuka. Pokoke OpenSource dab!

Posted in Uncategorized | Tagged , , | Leave a comment

Padi Hibrida, Kontroversi dan Pemecahan Masalahnya

By admin | Published: November 2, 2009

I. Pendahuluan

Dewasa ini teknologi biologi atau bioteknologi berkembang sangat pesat dengan pencapaian yang sangat luar biasa. Salah satu bidang bioteknologi yang bisa dikategorikan sangat maju adalah bidang rekayasa genetika. Sudah ratusan komoditas telah berhasil diciptakan di seluruh penjuru dunia. Mulai dari sayuran transgenik hingga sapi hibrida.

Namun, belakangan ini banyak produk hasil rekayasa genetika memicu kontroversi. Penyebabnya juga banyak, diantaranya,  banyak diantara produk pangan transgenik yang memiliki efek samping yang kurang baik bagi kesehatan konsumennya (manusia maupun makhluk hidup lainnya). Juga, banyak organisme hasil rekayasa genetika yang mempengaruhi organisme alami di ekosistem, seperti tanaman transgenik yang mengambil jatah makanan dan tempat tumbuh tanaman alami di alam, sehingga tanaman alami tersebut dapat punah.

Tujuan dari ditulisnya makalah ini adalah untuk memahami proses dari rekayasa genetika, hasil yang didapat dari rekayasa genetika, dan dampak dan manfaatnya bagi kehidupan umat manusia dan makhluk hidup lainnya di bumi ini.

 

II. Dasar Teori

Rekayasa Genetika

Rekayasa genetika dalam arti paling luas adalah penerapan genetika untuk kepentingan manusia. Dengan pengertian ini kegiatan pemuliaaan hewan atau tanaman melalui seleksi dalam populasi dapat dimasukkan. Demikian pula penerapan mutasi buatan tanpa target dapat pula dimasukkan. Masyarakat ilmiah sekarang lebih bersepakat dengan batasan yang lebih sempit, yaitu penerapan teknik-teknik genetika molekular untuk mengubah susunan genetik dalam kromosom atau mengubah sistem ekspresi genetik yang diarahkan pada kemanfaatan tertentu.

Obyek rekayasa genetika mencakup hampir semua golongan organisme, mulai dari bakteri, fungi, hewan tingkat rendah, hewan tingkat tinggi, hingga tumbuh-tumbuhan. Bidang kedokteran dan farmasi paling banyak berinvestasi di bidang yang relatif baru ini. Sementara itu bidang lain, seperti ilmu pangan, kedokteran hewan, pertanian (termasuk peternakan dan perikanan), serta teknik lingkungan juga telah melibatkan ilmu ini untuk mengembangkan bidang masing-masing.

Ilmu terapan ini dapat dianggap sebagai cabang biologi maupun sebagai ilmu-ilmu rekayasa (keteknikan). Dapat dianggap, awal mulanya adalah dari usaha-usaha yang dilakukan untuk menyingkap material yang diwariskan dari satu generasi ke generasi yang lain. Ketika orang mengetahui bahwa kromosom adalah material yang membawa bahan terwariskan itu (disebut gen) maka itulah awal mula ilmu ini. Tentu saja, penemuan struktur DNA menjadi titik yang paling pokok karena dari sinilah orang kemudian dapat menentukan bagaimana sifat dapat diubah dengan mengubah komposisi DNA, yang adalah suatu polimer bervariasi.

Tahap-tahap penting berikutnya adalah serangkaian penemuan enzim restriksi (pemotong) DNA, regulasi (pengaturan ekspresi) DNA (diawali dari penemuan operon laktosa pada prokariota), perakitan teknik PCR, transformasi genetik, teknik peredaman gen (termasuk interferensi RNA), dan teknik mutasi terarah (seperti Tilling). Sejalan dengan penemuan-penemuan penting itu, perkembangan di bidang biostatistika, bioinformatika dan robotika/automasi memainkan peranan penting dalam kemajuan dan efisiensi kerja bidang ini.

 

III. Pembahasan

Prinsip dasar teknologi rekayasa genetika adalah memanipulasi atau melakukan perubahan susunan asam nukleat dari DNA (gen) atau menyelipkan gen baru ke dalam struktur DNA organisme penerima. Gen yang diselipkan dan organisme penerima dapat berasal dari organisme apa saja. Misalnya, gen dari bakteri bisa diselipkan di khromosom tanaman, sebaliknya gen tanaman dapat diselipkan pada khromosom bakteri. Gen serangga dapat diselipkan pada tanaman atau gen dari babi dapat diselipkan pada bakteri, atau bahkan gen dari manusia dapat diselipkan pada khromosom bakteri. Produksi insulin untuk pengobatan diabetes, misalnya, diproduksi di dalam sel bakteri Eschericia coli (E. coli) di mana gen penghasil insulin diisolasi dari sel pankreas manusia yang kemudian diklon dan dimasukkan ke dalam sel E. coli. Dengan demikian produksi insulin dapat dilakukan dengan cepat, massal, dan murah. Teknologi rekayasa genetika juga memungkinkan manusia membuat vaksin pada tumbuhan menghasilkan tanaman transgenik dengan sifat-sifat baru yang khas.

Rekayasa genetika pada tanaman mempunyai target dan tujuan antara lain peningkatan produksi, peningkatan mutu produk supaya tahan lama dalam penyimpanan pascapanen, peningkatan kandunagn gizi, tahan terhadap serangan hama dan penyakit tertentu (serangga, bakteri, jamur, atau virus), tahan terhadap herbisida, sterilitas dan fertilitas serangga jantan (untuk produksi benih hibrida), toleransi terhadap pendinginan, penundaan kematangan buah, kualitas aroma dan nutrisi, perubahan pigmentasi.

Rekayasa Genetika pada mikroba bertujuan untuk meningkatkan efektivitas kerja mikroba tersebut (misalnya mikroba untuk fermentasi, pengikat nitrogen udara, meningkatkan kesuburan tanah, mempercepat proses kompos dan pembuatan makanan ternak, mikroba prebiotik untuk makanan olahan), dan untuk menghasilkan bahan obat-obatan dan kosmetika.

Di negara-negara maju seperti di Amerika, Eropa, Australia, dan Jepang organisme hasil rekayasa genetika telah banyak beredar di masyarakatnya maupun diekspor ke negara-negara lain seperti Indonesia. Organisme hasil rekayasa genetika dapat berupa mikrooraganisme (bakteri, jamur, ragi, virus), serangga, tanaman, hewan dan ikan. Di AS produk-produk hasil rekayasa genetika dijual secara bebas di pasaran, sementara di Eropa dan Jepang diwajibkan untuk memberi label bagi produk-produk tersebut. Cina juga merupakan negara yang telah sangat maju dalam pengembangan bioteknologi rekayasa genetika.

Beberapa tanaman transgenik yang telah banyak dihasilkan dan beredar di masyarakat antara lain kedele dengan kandungan gizi yang lebih tinggi, golden rice (padi dengan antosianin atau karotenoid untuk menghasilkan vitamin A dengan kosentrasi tinggi pada beras), kapas dengan gen cry yang diisolasi dari bakteri bacillus turingiensis yang menghasilkan senyawa tosik untuk membunuh seranga hama tertentu, jenis-jenis tanaman hias seperti anggrek, tulip, yang bertujuan untuk meningkatklan kualitas bunga; warna, bentuk, aroma, keseragaman bentuk dan kontinyuitas produksi. Perkembangan teknologi dan produk rekayasa genetika juga tergolong pesat di Indonesia di tengah sikap kritis pro-kontra yang dipengaruhi terutama dari LSM di Eropa. Indonesia telah sejak lama menjadi pengimpor produk rekayasa genetika seperti kedele, kapas, jagung, buah-buahan, tanaman hias, obat-obatan dan kosmetika. Beberapa Lembaga Riset dan Program Studi Bioteknologi telah berdiri di Indonesia. Bahkan Kementerian Riset dan Teknologi serta Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi telah mengembangkan program insentif bagi pengembangan bioteknologi (rekayasaya genetika) agar Indonesia tidak menjadi penonton dan tertinggal dalam teknologi ini yang akhirnya menyebabkan kita selalu menjadi negara pengimpor.

Orientasi dunia terhadap produk rekayasa genetika sangat beragam dari yang menolak, setuju dan dengan sikap hati-hati. Sikap kritis ini muncul terutama karena kekhawatiran akan keamanan pangan, keamanan pakan, dan keamanan lingkungan. Kekhawatiran ini juga muncul karena ketidaktepatan informasi teknis mengenai rekayasa genetika. Banyak kasus biologi dikaitkan dengan rekayasa genetika seperti munculnya penyakit sapi gila, flu burung, kanker/tumor yang semuanya tidak ada bukti keterkaitannya dengan rekayasa genetika.

Dampak produk rekayasa genetika bagi kesehatan manusia tidak perlu dikhawatirkan sepanjang jenis produk yang dilepas ke masyarakat terlebih dulu melalui proses pemeriksaan keamanan pangan dan lingkungan. Yang sering dikhawatirkan para pemerhati bioteknologi adalah keikutan gen marker (biasanya gen tahan antibiotika) terselip ke dalam khromosom organisme penerima, sehingga jika makan produk tersebut kita juga akan memakan zat tahan antibiotika. Tentang hal ini telah ada teknologi untuk menghilangkan gen tersebut agar tidak ikut terselip ke organisme penerima. Di samping itu konsentrasi zat ini tidak tinggi untuk ukuran manusia. Kekhawatiran juga muncul terhadap adanya gene flow yaitu menyebarnya gen baru yang diselipkan pada organisme penerima kepada organisme lain yang sejenis di sekitarnya melalui proses penyerbukan atau kawin silang.

Namun, juga ada beberapa aspek yang sepertinya dilewatkan oleh para ahli, yaitu dampaknya bagi ekosistem alami yang sudah ada di alam. Organisme yang sudah direkayasa gen-nya ternyata dapat memberikan pengaruh bagi organisme sejenis yang ada di alam maupun organisme lainnya di ekosistem tersebut.

Sebagai contoh, jagung Bt, jagung transgenik yang dikembangkan di Jepang, ternyata dapat membunuh kupu-kupu ratu (Danaus plexippus). Kupu-kupu ratu yang biasanya membantu penyerbukan tanaman jagung, dapat terbunuh oleh serbuk sari jagung Bt yang mengandung racun Bt. Padahal sedianya, racun ini disispkan ke dalam gen jagung Bt untuk membunuh ulat grayak yang biasa menyerang tanaman jagung.

Juga kasus padi IR64 di Indonesia. Sejak digalakkannya revolusi hijau pada jaman orde baru, banyak petani di Indonesia yang sebelumnya menanam padi varietas lokal beralih menanam padi varietas IR64. Akibatnya, banyak padi varietas spesifik lokal yang menghilang dari pasaran dan dapat dikategorikan punah. Padahal, padi varietas lokal tersebut lebih enak dan pulen dibandingkan IR64, hanya saja memang masa tanamnya yang relatif lama.

 

IV. Kesimpulan

Dari pembahasan di atas dapat disimpulkan, bahwa rekayasa genetika memang banyak memberikan dampak bagi manusia dan lingkungan di bumi ini. Baik itu dampak positif maupun negatif. Rekayasa genetika sendiri memang pada awalnya bertujuan untuk memperbaiki kehidupan manusia di bumi. Namun pada proses rekayasa genetika itu sendiri memang harus tetap harus diawasi dan diseleksi mana yang benar-benar aman bagi manusia dan makhluk hidup lainnya. Dan untuk menciptakan produk hasil rekayasa genetika yang benar-benar aman memang membutuhkan proses yang lama dan sulit. Dan semoga dengan semakin berkembangnya teknologi, produk rekayasa genetika yang benar-benar aman dapat tercipta.

Akhir kata, sudah menjadi kewajiban kita sebagai manusia yang terpelajar untuk terus belajar dan berkontribusi untuk kehidupan manusia, makhluk hidup lainnya, dan lingkungan di bumi ini agar menjadi lebih baik.

 

V. Daftar Pustaka

www.wikipedia.com

www.google.com

Posted in Uncategorized | Tagged , , , | Leave a comment

Menggabungkan Teknologi Informasi dan Bioteknologi

By admin | Published: November 2, 2009

Pendahuluan

Pada abad ke-21 ini ilmu pengetahuan yang dikembangkan oleh manusia maju sangat pesat. Banyak penemuan-penemuan baru di berbagai bidang yang sebelumnya sulit untuk dipikirakan. Salah satu bidang yang berkembang sangat cepat adalah teknolgi informasi (TI). Berbagai produk dan jasa dalam bidang teknologi informasi mulai dari komputer pribadi, internet, lalu handphone sudah dinikmati oleh masyarakat luas.

Kekuatan inovasi teknologi yang disepadankan dengan teknologi informasi saat ini adalah bioteknologi. Bioteknologi modern ditandai dengan kemampuan manusia untuk memanipulasi kode genetik DNA, “cetak biru kehidupan”. Berbagai aplikasinya telah merambah berbagai sektor seperti kedokteran, pangan, dan lingkungan.

Ledakan informasi dari kemajuan bioteknologi seperti data sekuen DNA dari pembacaan genom, data sekuen dan struktur protein sampai kepada data transkripsi RNA berkat teknologi DNA chip, telah mendorong lahirnya Bioinformatika yang digunakan untuk mengorganisasi dan menganalisis data-data tersebut menjadi sebuah informasi biologis yang bermakna. Bermacam database telah dibuat dan banyak perangkat lunak telah diciptakan yang menunjukkan trend kepada spesialisasi tujuan. Walaupun negara berkembang seperti Indonesia kurang dapat berpartisipasi dalam eksperimen bioteknologi yang padat informasi untuk pengumpulan informasi dalam database-database itu, peluang untuk memanfaatkannya melalui Bioinformatika terbuka lebar karena sifatnya yang terbuka.

Aplikasi TI dalam bidang biologi/life sciences yang melahirkan bidang Bioinformatika

akan menjadi semakin penting di masa depan, tidak hanya mengmpercepat kemajuan bioteknologi namun juga menjembatani dua bidang baru tersebut (TI & bioteknologi). Dalam makalah ini dibahas perkembangan Bioinformatika di dunia dengan didahului oleh latar belakang “ledakan” informasi dalam bioteknologi, kemudian ditutup dengan prediksi prospek Bioinformatika di Indonesia melalui pertanyaan “dari mana kita harus mulai?”

Bioteknolgi Modern

Bioteknologi modern lahir tahun 70-an diawali dengan inovasi beberapa ilmuwan AS yang mengembangkan teknologi DNA rekombinan. Berkat penemuan ini lahirlah perusahaan bioteknologi pertama di dunia, Genentech di AS yang segera memproduksi protein hormon, insulin yang dibutuhkan penderita diabetes, dalam bakteri. Selama ini insulin hanya bisa didapatkan dalam jumlah sangat terbatas dari organ pankreas sapi. Sebagaimana TI, saat ini produk bioteknologi telah mengimbas bahkan kepada kebutuhan hidup sehari-hari masyarakat seperti pangan dan kesehatan.

Ciri dari bioteknologi modern tadi adalah kemampuan pada manipulasi DNA. Rantai/sekuen DNA yang mengkode protein disebut gen. Gen itu ditranskripsikan menjadi mRNA yang selanjutnya mRNA ditranslasikan menjadi protein. Protein sebagai produk akhir bertugas menunjang seluruh proses kehidupan antara lain sebagai katalis reaksi biokimia dalam tubuh (protein ini disebut enzim), ikut serta dalam sistem pertahanan tubuh melawan virus atau parasit (disebut antibodi), menyusun struktur tubuh dari ujung kaki (otot terbentuk dari protein actin dan myosin) sampai ujung rambut (rambut tersusun dari protein keratin), dan lain-lain. Arus informasi, dari DNA ke RNA, lalu ke Protein, inilah yang disebut pemikiran utama dalam biologi.

Hanya 20-an tahun sejak bioteknologi modern lahir, terjadilah ledakan data biologis yang mencengangkan. Hal ini disebabkan oleh kemajuan teknologi biologi molekuler itu sendiri (misalnya DNA rekombinan dan PCR) dan ditunjang dengan peralatan yang memadai membuat waktu dan biaya lebih pendek/murah. Ledakan awal dimulai dari data DNA. Tahun 1977 untuk pertamakalinya sekuen DNA satu organisme dibaca secara menyeluruh yaitu pada sejenis virus yang memiliki kurang lebih 5.000 nukleotida/molekul DNA atau sekitar 11 gen.

Sekarang sudah ada milyaran data nukleotida tersimpan dalam database DNA, GenBank di AS yang didirikan tahun 1982. Sekuen seluruh DNA manusia yang terdiri dari 3 milyar nukleotida dirampungkan dalam waktu 3 tahun. Di Indonesia, dengan membayar $15, kita bisa membaca sekuen 500-an nukleotida di Lembaga Biologi Molekuler Eijkman, Jakarta. Trend yang sama juga nampak pada database lain seperti database sekuen asam amino penyusun protein dan database struktur 3D protein.

Inovasi teknologi DNA chip yang dipelopori oleh perusahaan bioteknologi AS, Affymetrix di Silicon Valley telah mendorong munculnya database baru mengenai RNA. Dengan ini, riset tidak dilakukan lagi satu persatu terhadap molekul (DNA/RNA/protein) yang diminati, namun pada keseluruhan/satu set masing-masing molekul (untuk DNA dari gen ke genom, untuk RNA disebut transkriptom dan proteom untuk protein).

Perkembangan Bioinformatika di Dunia

Ledakan data/informasi biologi itu yang mendorong lahirnya Bioinformatika. Karena Bioinformatika adalah bidang yang relatif baru, masih banyak kesalahpahaman mengenai definisinya. Komputer sudah lama digunakan untuk menganalisa data biologi, misalnya terhadap data-data kristalografi sinar X dan NMR (Nuclear Magnetic Resonance) dalam melakukan penghitungan transformasi Fourier. Bidang ini disebut sebagai Biologi Komputasi.

Bioinformatika muncul atas desakan kebutuhan untuk mengumpulkan, menyimpan dan menganalisis data-data biologis dari database DNA, RNA maupun protein tadi. Untuk mewadahinya beberapa jurnal baru bermunculan (misalnya Applied Bioinformatics), atau berubah nama seperti Computer Applications in the Biosciences (CABIOS) menjadi BIOInformatic yang menjadi official journal dari International Society for Computational Biology (ICSB). Beberapa topik utama dalam Bioinformatika dijelaskan di bawah ini.

Keberadaan database adalah syarat utama dalam analisa Bioinformatika. Database informasi dasar telah tersedia saat ini. Untuk database DNA yang utama adalah GenBank di AS. Sementara itu bagi protein, databasenya dapat ditemukan di Swiss-Prot (Swiss) untuk sekuen asam aminonya dan di Protein Data Bank (PDB) (AS) untuk Per tumbuhan data nuk leot ida/basa DNA dalam GenBank. Data yang berada dalam database itu hanya kumpulan/arsip data yang biasanya dikoleksi secara sukarela oleh para peneliti, namun saat ini banyak jurnal atau lembaga pemberi dana penelitian mewajibkan penyimpanan dalam database.

Trend yang ada dalam pembuatan database saat ini adalah isinya yang makin spesialis . Misalnya untuk protein struktur, ada SCOP dan CATH yang mengklasifikasikan protein berdasarkan struktur 3D-nya, selain itu ada pula PROSITE dan Blocks, yang berdasar pada motif struktur sekunder protein.

Setelah informasi terkumpul dalam database, langkah berikutnya adalah menganalisis data. Pencarian database umumnya berdasar hasil alignment/pensejajaran sekuen, baik sekuen DNA maupun protein. Metode ini digunakan berdasar kenyataan bahwa sekuen DNA/protein bisa berbeda sedikit tetapi memiliki fungsi yang sama. Misalnya protein hemoglobin dari manusia hanya sedikit berbeda dengan yang berasal dari ikan paus. Kegunaan dari pencarian ini adalah ketika mendapatkan suatu sekuen DNA/protein yang belum diketahui fungsinya maka dengan membandingkannya dengan yang ada dalam database bisa diperkirakan fungsi daripadanya.

Algoritma untuk pattern recognition seperti Neural Network, Genetic Algorithm dll telah dipakai dengan sukses untuk pencarian database ini. Salah satu perangkat lunak pencari database yang paling berhasil dan bisa dikatakan menjadi standar sekarang adalah BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). Perangkat lunak ini telah diadaptasi untuk melakukan alignment terhadap berbagai sekuen seperti DNA (blastn), protein (blastp), dsb. Baru-baru versi yang fleksibel untuk dapat beradaptasi dengan database yang lebih variatif telah dikembangkan dan disebut Gapped BLAST serta PSI (Position Specific Iterated)-BLAST. Sementara itu perangkat lunak yang digunakan untuk melakukan alignment terhadap sekuen terbatas di antaranya yang lazim digunakan adalah CLUSTAL dan CLUSTAL W.

Data yang memerlukan analisis bioinformatika dan cukup mendapat banyak perhatian saat ini adalah data hasil DNA chip. Menggunakan perangkat ini dapat diketahui kuantitas maupun kualitas transkripsi satu gen sehingga bisa menunjukkan gen-gen apa saja yang aktif terhadap perlakuan tertentu, misalnya timbulnya kanker, dll. mRNA yang diisolasi dari sampel dikembalikan dulu dalam bentuk DNA menggunakan reaksi reverse transcription. Selanjutnya melalui proses hibridisasi, hanya DNA yang komplementer saja yang akan berikatan dengan DNA di atas chip. DNA yang telah diberi label warna berbeda ini akan menunjukkan pattern yang unik. Berbagai algoritma pattern recognition telah digunakan untuk mengenali gen-gen yang aktif dari eksperimen DNA chip ini, salah satunya yang paling ampuh adalah Support Vector Machine (SVM).

Bioinformatika pada saat ini sudah menjadi bisnis salah satu besar di dunia. Perusahaan bioteknologi yang menghasilkan data besar seperti perusahaan sekuen genom, senantiasa memerlukan bagian analisa Bioinformatika. Produk Bioinformatika pun sudah dipatenkan baik di AS, Eropa maupun Asia.

Berdasar jenisnya produk yang dipatenkan itu bisa dibagi menjadi tiga yaitu perangkat lunak Bioinformatika, termasuk diantaranya adalah perangkat lunak pencarian database dengan contoh misalnya paten no. 6,125,331 di AS berjudul “Structural alignment method making use of a double dynamic programming algorithm”. Metode Bioinformatika ini menggunakan analogi metode bisnis telah dapat dipatenkan di AS seperti pada kasus pematenan Amazon.com, sebagai contoh adalah paten no. 6,125,383 di AS tentang “Research system using multi-platform object oriented program language for providing objects at runtime for creating and manipulating biological or chemical data”, terakhir produk Bioinformatika itu sendiri yaitu informasi biologis hasil analisisnya.

Dari Mana Kita Mulai

Di Indonesia Bioinformatika masih belum dikenal oleh masyarakat luas. Di kalangan peneliti sendiri, mungkin hanya para peneliti biologi molekuler yang sedikit banyak mengikuti perkembangannya karena keharusan menggunakan perangkat-perangkat Bioinformatika untuk analisa data.

Sementara itu di kalangan TI masih kurang mendapat perhatian. Ketersediaan database dasar (DNA, protein) yang bersifat terbuka/gratis merupakan peluang besar untuk menggali informasi berharga daripadanya. Sudah disepakati, database genom manusia misalnya akan bersifat terbuka untuk seluruh kalangan. Dari database tersebut bisa digali gen-gen yang memiliki potensi kedokteran/farmasi. Dari sinilah Indonesia dapat ikut berperan mengembangkan bioinformatika. Kerjasama antara peneliti bioteknologi yang memahami makna biologis data tersebut dengan praktisi IT seperti programmer akan sangat berperan dalam kemajuan Bioinformatika Indonesia nantinya.

Referensi

http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath

http://www.wikipedia.com

http://www.ilmu komputer.com

disusun dalam rangka memenuhi tugas akhir semester mata kuliah Biologi Umum

Posted in Uncategorized | Tagged , , , , | Leave a comment